زمینه‌های تحقیقاتی

1. شناسایی و جداسازی باکتری‌های تجزیه‌کننده علف‌کش گلیفوزیت و حشره‌کش آزینفوس‌متیل از خاک‌های آلوده
2. شناسایی مولکولی قارچ‌های بیماری‌زای فرصت‌طلب
3. شناسایی مولکولی قارچ‌های کلونیزه‌کننده پروتز حلق در بیماران دارای نقص ایمنی
4. جداسازی و شناسایی سومین مورد عفونت فرصت‌طلب Candida auris (Clade V) در ایران
5. ارزیابی کلونیزاسیون Candida auris در بیماران بستری در بخش‌های مراقبت ویژه (ICU) با استفاده از روش مولکولی PCR اختصاصی ژن
6. ارزیابی و توسعه روش‌های مولکولی PCR و Real‑Time PCR جهت شناسایی مستقیم Candida auris از نمونه‌های بالینی برای نخستین بار در ایران
7. ارزیابی و توسعه روش Multiplex‑PCR برای شناسایی همزمان گونه‌های Candida و Aspergillus عامل اتومایکوزیس
8. ارزیابی روش PCR‑RFLP برای شناسایی Candida auris در نمونه‌های بالینی بیماران بستری در ICU
9. مرور نظام‌مند کلونیزاسیون و عفونت گوش (اتومایکوزیس) ناشی از Candida auris در ایران
10. بررسی Candida auris به عنوان قارچ فرصت‌طلب مقاوم به دارو
11. مرور همزمانی عفونت Candida auris و کووید‑19
12. مطالعه مولکولی و فیلوژنتیک قارچ‌های مرتبط با Periplaneta americana در سیستم‌های فاضلاب بیمارستانی
13. شناسایی مولکولی و تحلیل فیلوژنتیک مخمرهای جدا شده از محصولات لبنی
14. بررسی مایکوبیوم بدن انسان
15. بررسی میکروبیوم دهان انسان
16. نقش میکروبیوم دستگاه تناسلی زنان در سلامت باروری
17. نقش دوگانه میکروبیوم در سرطان
18. محور میکروبیوم–روده–مغز در بیماری‌های عصبی
19. بررسی متابولیت‌های Nocardia به عنوان عوامل ضدباکتریایی و لاروکش علیه Anopheles stephensi
20. توسعه Multiplex‑PCR برای شناسایی سه باکتری عامل سقط جنین (Streptococcus agalactiae، Listeria monocytogenes و Mycoplasma hominis)
21. شناسایی گونه‌های لیشمانیا در مناطق اندمیک ایران
22. ترجمه کتاب «قارچ‌شناسی دامپزشکی (Veterinary Mycology)» تألیف Samanta Indranil – انتشارات Springer (در دست چاپ)

سوابق تحصیلی

سوابق آموزشی

کارگاه‌ها و فعالیت‌های آموزشی

• مدرس آزمایشگاه مولکولی قارچ‌ها – دانشگاه علوم پزشکی اصفهان
• برگزاری کارگاه‌های تخصصی مولکولی شامل استخراج DNA، PCR، PCR‑RFLP، Nested PCR و Real‑Time PCR
• برگزاری کارگاه طراحی پرایمر با نرم‌افزارهای BioEdit و Geneious
• آموزش رسم درخت‌های فیلوژنتیک با نرم‌افزارهای MEGA و Geneious
• آموزش ثبت توالی‌های ژنی در پایگاه NCBI

سوابق پژوهشی

مقالات علمی پژوهشی و ISI

1. Safari F. et al. (2021). A Chronic Autochthonous Fifth Clade Case of Candida auris Otomycosis in Iran. Mycopathologia.
2. Kamali Sarvestani H. et al. (2022). Molecular Characterization of Fungal Colonization on the Provox Voice Prosthesis. Iran J Public Health.
3. Safari F. et al. (2022). Evaluation of Candida auris Colonization using Clinical Skin Swabs. J Health Rep Technol.
4. Safari F. et al. (2022). Molecular investigation of the incidence of Candida auris infections in Iran. Mycoses.
5. Safari F. et al. (2022). A Review on Candida auris, an Emerging Drug‑resistant Fungal Pathogen.
6. Vaseghi N. et al. (2022). COVID‑19 associated Candida auris infections: systematic review. Mycoses.
7. Naeimi B. et al. (2023). Screening Candida auris through multiplex PCR algorithm. Mycoses.
8. Madani M. et al. (2023). Fungal pathogens of Periplaneta americana in hospital sewer systems. Journal of Water and Health.
9. Mohammadi R. et al. (2025). Molecular identification of yeast strains isolated from dairy products in Iran. Iran J Microbiol.
10. Safari F. et al. (2025). Molecular Identification of Candida Species among Iranian Patients. Adv Biomed Res.
11. Mohammadi R. et al. (2025). The human mycobiome: a critical component of health and disease. Microbiology.
12. Safari F. et al. (2025). The Oral Microbiome and systemic diseases. J Mazandaran Univ Med Sci.
13. Seratnahaei M. et al. (2025). Nocardia‑derived metabolites against Anopheles stephensi. Parasitology International.
14. Bayat A. et al. (2025). Female reproductive tract microbiome in reproductive health.
15. Safari F. et al. (2026). Candida auris infection in chronic otitis externa: case series. Current Medical Mycology.
16. Safari F. et al. (2026). Dual role of microbiome in cancer. Jundishapur Scientific Medical Journal.
17. Sharbafchi MR. et al. (2026). Microbiome‑Gut‑Brain Axis in neurological disorders.

طرح‌های پژوهشی

• مجری طرح شناسایی و جداسازی Candida auris در ایران (استان‌های اصفهان، اراک، بوشهر، یاسوج و تهران) از سال 1398 تا 1401
• همکاری در توسعه روش Multiplex‑PCR برای شناسایی Candida auris و سایر قارچ‌های عامل اتومایکوزیس

عضویت در هیأت تحریریه و داوری مجلات

• Reviewer – BMC Microbiology (Springer)
• Reviewer – Antimicrobial Resistance & Infection Control (Springer)
• Reviewer – BMC Infectious Diseases (Springer)
• Reviewer – European Journal of Clinical Microbiology & Infectious Diseases
• Reviewer – Discover Medicine (Springer)
• Reviewer – International Journal of Molecular and Clinical Microbiology

سوابق حرفه‌ای

• مدرس کارگاه‌های تخصصی زیست‌شناسی مولکولی
• مشاور علمی در بازنگری مقالات و رساله‌های دکتری رشته میکروبیولوژی
• عضو انجمن میکروب‌شناسی ایران (از سال 1393)